Francesca Mencacci ha studiato all'Università degli Studi di Pisa, dove ha conseguito anche il Dottorato di ricerca in Filologia greca e latina. Presso l'Universtà di Siena insegna Lingua letteratura latina, come professoressa associata.
Oltre ad aver partecipato a numerosi programmi di ricerca italiani, ha svolto soggiorni di ricerca e di docenza presso istituzioni straniere: l'Università di Heidelberg come borsista Daad, l'Università di Dresden, l'Akad. der Wissenschaften di Mainz. Ha preso parte come relatrice a convegni in Italia e all'estero e ha tenuto lezioni e conferenze presso Università e istituzioni italiane e straniere.
Per la Facoltà di Lettere dell'Università di Siena ha fatto parte del collegio direttivo del Master “Studi di genere, pratiche didattiche e pari opportunità” e del collegio dei docenti della Scuola di Dottorato in “Antropologia del mondo Antico” con sede a Siena e della Scuola di Dottorato in “Scienze dell'Antichità e Archeologia”, con sede a Pisa. E' responsabile di accordi di scambio Erasmus di Filologia classica e Storia antica con diversi paesi.
Si occupa prevalentemente di tematiche di carattere linguistico e antropologico relative alla cultura romana; in particolare, accanto a studi di lessicologia e di pragmatica del latino, ha pubblicato ricerche dedicate ai temi della parentela, della costruzione dell'identità personale e di gruppo, e a diversi aspetti dei rapporti tra i generi.