Leonardo Magionami insegna Paleografia e Codicologia presso l'Ateneo di Siena ed è vice cordinatore del Dottorato in Studi Storici dell’Università di Firenze e Siena dove rieste anche il ruolo di referente dei docenti del curriculum di Archivististica, Paleografia e Biblioteconomia. Giá Presidente del Comitato della Didattica del Corso di Laurea Magistrale in Storia e Filosofia (2021-2025), ha tenuto corsi e seminari sia a Master Universitari di I e II livello che presso Scuole per Restauratori di Beni Librari e Archivistici tra cui La Scuola di Alta Formazione dell'ICPAL (Istituto Centrale per la Patologia degli Archivi e del Libro del Ministero della Cultura) di cui é membro del comitato scientifico.
È stato visiting professor presso le Università di Jyväskylä (Fin), León, Complutense di Madrid (Es), Poitiers (F), Lisbona (Pt), e Aahurus (Dk) ed ha collaborato con realtà extraeuropee come l’Università Herzen di San Pietroburgo (Russia), l’Università di Calgary (Canada), l’Universidad Benemerita de Puebla, Universidad Nacional Autónoma de Mexico e Universidad Autónoma Metropolitana (Messico) di cui è stato anche professore invitato nel 2015, 2017, 2019.
In qualità di esperto ha collaborato con il Ministero degli Affari Esteri e della Cooperazione Internazionale curando progetti per le biblioteche dell'Istituto Italiano di Cultura di Città del Messico (2018) e di Istanbul (2019).
Ha fatto parte del Consiglio di Amministrazione della Biblioteca Comunale degli Intronati di Siena (2013-2018); è membro dal 2003 dell'AIPD, Associazione Italiana Paleografi e Diplomatisti e dal 2022 della CUPADIC, Consulta Universitaria di Paleografia Diplomatica e Codicologia.
Fa parte del comitato scientifico della rivista accademica Bibliographica, pubblicata dall'Instituto de Investigaciones Bibliográficas della UNAM (Universidad Nacional Autónoma de México); della rivista accademica Eikón / Imago, pubblicata dalla Universidad Complutense de Madrid; é membro del comitato scientifico del Il progetto SCRIPTVRA. Luoghi, forme e funzioni della scrittura della Fondazione San Bonaventura e del comitato scientifico del master in Catalogazione del manoscritto liturgico medievale: descrizione, digitalizzazione e valorizzazione promosso dall’Università degli studi della Tuscia e dall’Ufficio Nazionale per i beni culturali ecclesiastici e l’edilizia di culto della Segreteria Generale della Conferenza Episcopale Italiana, in collaborazione con l’Università Cattolica del Sacro Cuore di Milano e la Biblioteca Apostolica Vaticana.